本发明涉及一种利用模拟移动床分离提纯低聚木糖的方法,步骤如下：将原料液即半纤维素经酶水解得到的料液经脱色、除离子、浓缩等预处理,高纯水进行过滤、脱氧备用；经过预处理的半纤维素水解液进入模拟移动床色谱分离装置进行分离,得到富含低聚木糖组分的低聚木糖粗液；将分离得到的低聚木糖粗液经减压蒸发浓缩或加赋形剂喷雾干燥后得到低聚木糖糖浆或粉剂。本发明采用模拟移动床色谱分离装置(SMB)提取低聚木糖,将多个吸附柱串联成闭合环路,通过不断切换阀门改变各股物料的进出口位置,实现固、液两相的相对移动,进行不同组分的分离提取,它既有固定床吸附操作简单的优点,又有移动床连续操作的能力,适合大规模工业化生产。