本发明提供了一种乳清酸生产菌株及其定向改造方法与应用,所述菌株利用CRIPSR/Cas9基因编辑技术通过敲除了purR、pepA、argR基因,解除了阻遏因子PurR、PepA、ArgR对氨基甲酰磷酸编码基因操纵子的抑制；通过过表达碳酸酐酶基因cynT和氰酸盐转运蛋白编码基因cynX,并异源引入氨甲酰磷酸合成酶基因pyrAA和pyrAB,协同加强乳清酸重要前体物氨基甲酰磷酸的合成与积累,有效促进了乳清酸的生物合成效率；所述菌株以葡萄糖为底物从头高效合成乳清酸,经过48h分批补料发酵,乳清酸产量可高达182.5 g/L,糖酸转化率达到58%,具有极高的工业应用前景。