本发明公开了一种基于GMS和ARCGIS数据交互的地下水数值模拟构建及分析方法和系统,方法包括：确定研究区的边界范围,准备模型含水层、隔水层顶底板高程值,并确定边界条件；使用ARCGIS处理数据,确定地表水体、生活水源地、工业开采井位置及开采量、参数分区划分及赋值,基于GMS建立GMS概念模型并验证；设置多种不同的情景,利用验证后的GMS概念模型对研究区的地下水水位-水量变化情况进行预测分析,以得到不同情景下研究区的水位浮动变化规律及地下水量采补平衡关系。优点是：采用GMS与ARCGIS两个软件建立交互关系,通过改变地下水补径排关系,设置不同情景分析计算研究区内地下水水位-水量变化情况,为区域地下水资源开发利用及优化设计提供决策参考。