本发明提供一种提取枸杞色素的方法,涉及食品深加工领域。该方法包括：利用乳化后的低共熔溶剂对枸杞原料进行提取,得到枸杞浸提液,其中,所述乳化后的低共熔溶剂是由低共熔溶剂和蒸馏水用乳化剂进行乳化后所得,所述低共熔溶剂由氢键供体和氢键受体组成,所述氢键供体为乳酸,所述氢键受体为薄荷醇,所述乳化剂为吐温20；利用大孔树脂吸附法将枸杞浸提液中的枸杞色素吸附,经乙酸乙酯洗脱后旋转蒸发,然后干燥得到枸杞色素。该方法能够将枸杞色素从枸杞中提取分离出来,所得枸杞色素的提取率和纯度显著高于传统有机溶剂提取法,具有效率高、低能耗、低成本、操作便利、新型绿色、无三废排放、溶剂可循环使用等优点。