本发明公开了一种合生元组合物的制备方法,所述方法包括：步骤一、以半乳甘露聚糖为底物,酶解获得含有单糖和甘露寡糖的混合液；步骤二、将干酪乳杆菌加入至所述混合液中培养并消耗单糖,冷冻干燥获得含有甘露寡糖和干酪乳杆菌的合生元组合物,所述干酪乳杆菌为干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)LH23,保藏编号为CGMCCNo.16656。本发明利用干酪乳杆菌LH23处理掉混合液中的单糖,纯化得到甘露寡糖,并且,适宜的底物浓度和菌浓度,能够在完全消耗掉单糖的同时,还能够在冷冻干燥的过程中对干酪乳杆菌LH23起到最大的保护作用,大大提高了合生元组合物的冻干粉制剂中甘露寡糖纯度和活菌数量。