本发明属于系统生物学领域,具体涉及一种自动化构建高精度基因组尺度代谢网络模型的方法。本专利基于目标微生物基因组信息,运用KEGG提供的API,实现“基因-酶-反应-化合物”数据库的自动化构建,并通过转录组学和蛋白组数据数据库对反应矩阵进行自动精炼和校准,从而快速的构建出精准的基因组尺度代谢网络模型。通过本专利所提供的模型对实验进行模拟,可以有效地减少工作量并为湿实验提供参考依据,为关键基因的模拟筛选、外源基因与底盘生物的适配性评估、关键代谢路径的挖掘、最小基因组的以及微生物响应外界刺激的应激机制的研究提供帮助。