本发明属于基因工程技术领域，具体涉及一种恩拉霉素高产菌株及其构建方法。

本发明将传统高产菌的选育与转录组测序技术相结合，通过对比已知的两株抗性存在显著差异的菌株的基因组序列，进而找到两株菌的基因组序列之间的不同碱基并确定其所在基因组序列中的位置和它所决定的基因名称及作用，针对该基因对抗生素生产菌株进行遗传操作，从而筛选出高抗性工程菌株。

获得的基因工程菌较原始菌株的恩拉霉素产量分别提高了5％，18.3％和19.5％，本发明为恩拉霉素高产菌株的选育提供了一种新思路。