本发明属于生物工程技术领域,涉及工业微生物育种,特别涉及一种解淀粉芽孢杆菌底盘菌株及其应用。本发明提供了一种解淀粉芽孢杆菌基因工程菌,该基因工程菌基因组中缺失了噬菌体蛋白合成相关基因簇,作为适宜的底盘菌株,还可以进一步异源过表达耐酸性高温α-淀粉酶基因。本发明从实验和生产中的实际情况出发,分析影响高密度发酵菌体裂解的不良因素,通过对基因工程宿主的改造,最终获得了一种能够减缓菌体自溶以及高产耐酸性高温α-淀粉酶的基因工程菌株,并且为构建耐酸性高温α-淀粉酶高产底盘菌株提供了新的思路。