本发明提供了一种以工业副产物糖蜜为原料,固定化细胞连续发酵生产聚苹果酸的方法,包括糖蜜预处理、菌种活化、种子培养和发酵产酸四个步骤,发酵体系由分批发酵反应器和填充塔构成,在控制pH及溶解氧条件下,在含糖蜜、氮源、无机盐及微量元素的培养基中培养产黑色素短梗霉连续生产聚苹果酸。本发明方法不引入有毒有害物质,实现环境友好、低成本处理糖蜜并应用于聚苹果酸生产；通过引入固定化载体实现聚苹果酸的连续生产,减少了液体种子培养阶段、并有效提高率聚苹果酸的糖酸转化率。本发明中,经过糖蜜预处理使聚苹果酸产量提高5.9倍；经细胞固定化连续生产使聚苹果酸的产量进一步提高22%,同时获得副产物色素。