本发明涉及一种工程蝇凝集素的高效纯化方法,其纯化的步骤是：对工程蝇的幼虫进行必要的诱导,待幼虫化蛹后(80％化蛹),收集蛹,除去饲养中混入的杂质,以生理盐水或者BIS做为提取溶剂提取蛹糖蛋白,提取液经离心、超滤、浓缩,吸附色谱柱脱色纯化、离子交换色谱柱纯化、凝胶色谱柱纯化、浓缩等步骤得到一类分子量在68-22kDa之间的糖蛋白。本发明以工程蝇为原料,工程蝇凝集素有糖结合专一性,其能与色谱柱上的特定配基结合,适合采用特异性纯化,利用色谱分离技术对其进行提取、分离、纯化,并且工程蝇凝集素在40℃下稳定,适合室温提取,提取方法不仅简单而且实用,适合大规模工业生产。