本发明公开了一种预防益生元过量摄入导致腹泻、肠漏、脓毒症的合生元复方制剂,所述合生元复方制剂包括益生菌与益生元,所述益生菌为以益生元为唯一碳源培养基能够优势生长的益生菌菌株,且该菌株对病原微生物具有抑制作用。本发明合生元复方制剂为益生菌和益生元联合使用,协同增效,与益生元搭配使用可以更好地实现其有益效果,益生菌和益生元的合理组合可以使合生元的有益效果最大化,可以有效地治疗西方式高脂饮食导致的肝脂肪积累并抑制过量低聚果糖摄入引起的肠漏和脓毒症,可以有效地避免因益生元过量摄入导致的不利影响并保留其功能特性,效果显著、安全性高、无毒副作用的优点。