一种低产高级醇酿酒酵母工程菌及其构建方法。本发明提供的酿酒酵母工程菌(Saccharomycescerevisiae)AY-20,保藏号为CGMCCNo3930。该菌在其它发酵性能不受影响的情况下,转化子菌株比亲本菌株的异丁醇、异戊醇含量分别降低了55.19%、34.43%,总高级醇含量降低35.01%。可通过向出发菌酿酒酵母2.1190中插入一个核苷酸序列或者通过缺失部分或完整氨基酸转氨酶编码基因(BAT2)序列来实现。如BAT2100%缺失,则不易产生回复突变,且重组菌株中的KanMX抗性基因已经敲除,保证了菌株及发酵产品的安全性。筛选得到的工程菌对发酵设备及条件没有特殊要求,一般酒厂的设备和条件均可使用,因而有广泛的应用前景,能为白酒厂的工业化生产带来显著经济效益。