本发明公开了一株生产胞嘧啶大肠杆菌,所述大肠杆菌在尿苷生产菌E.coliUR11基础上,阻断胞嘧啶向尿嘧啶的转化,减少胞嘧啶向胞内的转运,强化CMP到胞嘧啶的水解反应,强化CTP到CMP的水解反应,强化UMP到UDP的磷酸化反应,阻断胞苷到尿苷的转化,强化UTP经胞苷三磷酸合成酶生成CTP的反应,阻断UMP和CMP水解为尿苷和胞苷。本发明通过合理的代谢改造策略,利用基因定向改造技术获得一株高产胞嘧啶的基因工程菌,所有的基因操作均在基因组上进行,无质粒引入,无抗性,菌株性状稳定,应用更为广泛。胞嘧啶产量和转化率分别达到53.36g/L和16.77％,均为现有报道的最高值。