本发明涉及一种藻红蛋白与壳寡糖共价交联来提高藻红蛋白稳定性的方法,步骤如下：步骤一：制备干燥坛紫菜的藻红蛋白粗提液；步骤二：配制藻红蛋白溶液,向藻红蛋白溶液中加入转谷氨酰胺酶及壳寡糖进行酶促反应,得到粗制的藻红蛋白-壳寡糖复合物；步骤三：反应结束后,将上述复合物经灭酶,然后立即冷却至室温后,透析除去未结合的壳寡糖,得到藻红蛋白-壳寡糖复合物。该复合物相比于藻红蛋白表现出了较高的光、热、pH稳定性。本发明方法利用转谷氨酰胺酶催化藻红蛋白与壳寡糖发生反应来提高藻红蛋白稳定性,从而增加藻红蛋白的利用率和使用范围,本发明方法尤其适用于用天然植物蛋白与多糖类结合从而提高色素稳定性。