本发明属于生物医药赋能加工技术领域,公开了一种提高中药材肉苁蓉松果菊苷和毛蕊花糖苷含量的精准定向炮制方法和应用,所述方法包括肉苁蓉原料选取、清洗、浸润、切片、高温干燥、包装,肉苁蓉上部采用真空冷冻干燥炮制；肉苁蓉下部采用温湿共激发技术进行炮制。现有研究已表明肉苁蓉中的有效成分在不同部位之间存在着较为明显的差异,本发明在明确松果菊苷和毛蕊花糖苷分布后,本发明对其进行特异切分,进而结合活性成分的理化性质采用不同炮制方法精准炮制,以最大程度地保留并促进其药用成分转化,提高肉苁蓉炮制后的品质和均一性,实现肉苁蓉整体价值最大化。