本发明属于微生物和土木工程交叉技术领域,公开了一种混凝土结构微裂缝深处的生物修复方法,包括如下步骤：S1、制备混凝土裂缝修复液；S2、裂缝预处理；S3、根据裂缝宽度选择不同修复工艺：对于0.3～1mm宽度裂缝选择注射修复；对于1～3mm宽度裂缝选择分层填充材料后注射修复；S4、裂缝表面涂覆修复。本发明采用分层填充辅助材料修复以及利用特制长针头的注射器注射修复液解决了不同宽度混凝土深处裂缝难以完全修复的问题,后续经过表面涂覆修复再次加强保护,提高了结构的耐久性。与传统混凝土裂缝修复方法相比具有可操作性强,与混凝土材料相容性好,绿色环保的优势。