本发明公开了一种具有肠道调节功能的益生元藜麦蛋白肽饮料的加工方法,涉及食品科学技术领域。本发明以藜麦为原料,经预处理、糊化之后依次加入α-淀粉酶和普鲁兰酶进行藜麦淀粉的液化、糖化,并进行精制条件优化,再利用α-葡萄糖苷酶通过转苷工艺合成低聚异麦芽糖,为肠道中的益生菌群提供了益生元；进一步采用酶解技术制备藜麦多肽,改善藜麦蛋白的消化特性,使其更容易消化吸收。发明的产品不仅能够改善肠道、润肠通便,还具有提高人体免疫力、降糖降脂的功能,是一种能适应现代人需求且营养丰富的保健饮料。