本发明属于微生物检测技术领域,公开了一种基于Argonaute及离心微流控芯片的检测金黄色葡萄球菌的方法,所述方法当靶标DNA存在时,TtAgo能够在引导DNA的引导下切割靶标DNA,产生的次级ssDNA,能够作为新的引导DNA与空TtAgo结合并引导其特异性切割荧光探针,TtAgo的切割是基于严格的碱基互补配对,基于此设计检测平台。本发明使得灵敏、选择性、准确地在现场短时间检测食源性致病菌成为可能。该方法为精准检测致病菌提供了一种新的思路。本实验检测的食源性致病菌是金黄色葡萄球菌。