本发明涉及一种从半纤维素酸水解液中分离提纯木糖、阿拉伯糖的方法,分离提纯的步骤如下：(1)将直接酸水解得到的半纤维素水解液经电渗析、膜过滤浓缩预处理,高纯水进行脱氧、过滤备用；(2)经过预处理的半纤维素水解液进入模拟移动床色谱分离装置进行分离,分离后得到两种出料液；(3)将两种出料液用多效降膜蒸发器浓缩、降温结晶得到木糖、阿拉伯糖产品。本发明采用模拟移动床色谱分离装置(SSMB)系统提取单糖,将多个吸附柱串联成闭合环路,通过不断切换阀门改变各股物料的进出口位置,实现固、液两相的相对移动,进行不同组分的分离提取,它既有固定床吸附操作简单的优点,又有移动床连续操作的能力,适合大规模工业化生产。