1、以褐黄孢链霉菌ATCC13326为出发菌株，采用紫外和5-溴尿嘧啶交替诱变的方法，获得容量大、性状多、生产性能明显改进的菌株构成突变文库，用于后续的基因组重排研究；通过对褐黄孢链霉菌原生质体形成、再生和融合条件的优化，确定递归原生质体融合工艺路线；建立了基于深孔板微量培养和微孔板生物检测的重组子快速筛选模型，最终建立和完善了体内进化的基因组重排育种新技术。

2、通过三轮基因组重排得到高产的重排菌株F3-48，其纳他霉素产量为4.97g/L，比最高的亲本菌株SG2-UV-187提高了97.1%，比原始的出发菌株ATCC13326提高了192.4%，并表现出良好的遗传稳定性。

3、利用DNA随机扩增多态性技术(RAPD)和二维蛋白质电泳技术对重排前后的菌株进行分析，发现纳他霉素的生物合成与MarR转录调控因子和葡萄糖激酶调节蛋白存在着一定的相关性。

4、在核心期刊发表学术论文7篇，其中2篇被EI收录，在国内和国际会议上发表论文6篇，申请发明专利1项。培养硕士研究生3名。发酵工业中，通过定向、高效的菌种选育技术提高次级代谢产物的产量和质量具有非常重要的现实意义，也必将创造巨大的经济效益。

该课题的技术成果不仅为大环内酯类抗生素高产菌株的选育提供新方法，也为基因组重排育种这一平台技术在工业微生物菌种选育领域的应用和推广奠定坚实的基础。课题通过对重排菌株特性的分析，为聚酮合酶基因簇生物合成大环内酯类抗生素的菌种选育和改造工作提供理论指导。此外，课题中的研究对象为褐黄孢链霉菌，其次级代谢产物纳他霉素是迄今为止获得中国批准的唯一的抗真菌生物防腐剂，在食品和医疗领域的应用广泛。

所以该课题既是重要的应用基础研究，也将直接创造巨大的社会效益和经济效益。