1.利用Solexa平台对米曲霉沪酿3.042和A100-8的主要功能基因组进行测定,识别生产相关的重要功能基因和其调控网络,并对米曲霉沪酿3.042和A100-8重要功能基因组,转录组及蛋白组进行测序。与日本使用的主要菌种RIB40进行功能基因组比较研究,分析两主要菌种的特异基因及其在酱油工艺中的独特作用;分析酱油米曲霉与其他曲霉种类的同源基因,研究酱油米曲霉的进化地位。在微生物基因组,转录组及蛋白组的基础上,解析米曲霉沪酿3.042和A100-8蛋白酶类及风味物质的代谢过程,并将其应用于生产以及传统工艺的改造。

2.选取特性存在差异（经过离子注入诱变）的米曲霉进行基因组重测序（resequencing）,转录组学和蛋白质组学研究。研究米曲霉诱变产生的各菌株之间的遗传学差异,从基因组、转录组和蛋白组（即DNA,RNA和蛋白质）水平,系统性研究造成各米曲霉菌株性质差异的原因。筛选对于米曲霉改造从而提高酱油品质重要的基因（及SNP位点）,从而为进一步改造米曲霉菌和改进酱油生产工艺奠定基础。