光合细菌富含多种活性物质，是一种重要的单细胞蛋白。

主要应用于水产养殖开口饵料，提高水产动物的抗病性和耐药性；增加观赏鱼类的色彩鲜艳度；污水的调水剂，有效降解污水的COD、铵态氮、和磷等污染物。

光合细菌规模化培养，目前已完成百吨级发酵生产光合细菌菌剂。