本实用新型提供了一种微生物筛选装置，包括阴极槽、阳极槽、连接液桥和一对外接直流电源的电极板。

所述阴极槽、阳极槽和连接液桥将该筛选装置分为三部分，所述连接液桥置于阴极槽和阳极槽中部，该连接液桥上方的水域深度小于阴极槽和阳极槽的水域深度。

所述一对电极板的阴极板置于阴极槽内、阳极板置于阳极槽内；所述微生物筛选装置采取电场辅助的方式从土样或活性污泥中筛选目标微生物，配合专用培养基筛选方法，实现功能微生物的定向筛选，可加速目标微生物的筛选，缩短菌种筛选的时间，加快科研的进程。